La Congregación constante en el deseo de renovación y adecuación canónica, mueve al Teniente de Hermano Mayor D. José Ángel de Ayala Galán a encargar la redacción de los nuevos Estatutos, al Secretario D. Luis Manuel Velasco Sáinz. Tales Estatutos fueron aprobados por Decreto de 30 de abril de 1996, por D. Antonio María Rouco Varela, Arzobispo de Madrid, que adaptan las Constituciones aprobadas por el Rey Carlos III. Se componen de un Proemio Histórico, un Preámbulo y 16 capítulos con 35 artículos.

Su majestad el rey Alfonso VI se declaró Hermano Mayor perpetuo por si y por sus Señores Reyes sucesores, es por ello que los Estatutos señalan como Hermano Mayor al Rey de España, y se designa a un Teniente de Hermano Mayor para presidir la misma. Para el ejercicio de este cargo la Junta General elegirá a un congregante con las mejores cualidades para regir a la Congregación y representar al Rey en todos las actos en que la misma asista corporativamente. El nombramiento se comunicará a la Casa Real.

Se establece la celebración el día 15 de mayo de la Misa Pontifical y procesión pública. El capítulo 7 está dedicado a la custodia del cuerpo incorrupto de san Isidro y las reliquias de santa María de Cabeza, cuya obligación de la guarda, conservación y custodia corresponde a la Congregación. Regulan el régimen de visita al Camarín, y la exposición pública del cuerpo de san Isidro, de forma extraordinaria.