Los milagros de san Isidro fueron recogidos en un Códice del siglo XIII, que ha llegado hasta nuestros días y cuyo original se conserva en el museo de la Catedral de la Almudena de Madrid.

Aunque se discute su autoría se atribuye a Juan Diácono, personaje que se ha identificado con Juan Gil de Zamora franciscano que trabajó al servicio del rey Alfonso X, el sabio. Pudo conocer de primera mano, incluso por testigos directos, toda la tradición referida a este santo.

El códice fue redactado para dejar constancia de la fama y milagros del santo, aunque no incorpora muchos datos de su biografía.

En cuanto a su descripción, está escrito en latín medieval, consta de 28 hojas (tres cuadernos rayados sin foliar pero sí paginados con numeración moderna). El tipo de letra corresponde al estilo del reinado de Alfonso X, es decir, la conocida como letra gótica. La decoración del códice consiste en unas bellas miniaturas de las iniciales de las palabras con las que comienza cada milagro coloreadas.

En él, el autor, relata la vida y milagros del “bienaventurado Isidro, gloriosísimo confesor de Jesucristo Nuestro Señor”. Aún tratando casi de forma monográfica la figura del santo labrador, también se refiere a los esposos, indicando que “formaban una familia cristiana de campesinos, trabajadores, amando a Dios y a su prójimo, pues compartían sus bienes con los necesitados”.

Es una obra de incalculable valor puesto que se redacta muy poco tiempo después de la muerte de Isidro y es testimonio de la honda huella que deja este santo en el pueblo de Madrid. La vida de este sencillo labrador sin duda ninguna destacaba de manera inigualable en la sociedad de su tiempo, por sus virtudes cristianas, ya que de otra manera no se hubiera recogido la vida de un pocero mozárabe en un Códice de tanto valor.